兽医检疫，防止军用动物传染病发生和流行的一项防疫工作。往往对部队原有军用动物进行定期检疫，后对新补充的军用动物、购买的食用动物以及原有军用动物发生传染病时进行规定时间检疫。兽医检疫还可分为产地检疫、运输检疫和口岸检疫。
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